Ondergedoken of submerse waterplanten zitten fysiek grotendeels onder water, maar de bladen kunnen boven de waterlijn uitsteken en daar gaan drijven. De wortels kunnen voedingsstoffen opnemen uit de bodem, maar in voedselrijk water kunnen sommige soorten ondergedoken planten ook de voedingsstoffen direct (en vaak eenvoudiger) vanuit het water opnemen met hun bladeren. In die situatie kan het zelfs zo zijn dat de ondergedoken planten geen wortels meer in de bodem hebben.
Licht is sterk bepalend voor het succes van ondergedoken waterplanten. Beschaduwing door bovenliggende vegetatie (bijv. kroos, een boom of zichzelf) en uitdoving (over waterdiepte en door vertroebeling) zijn hierin factoren. Aan de andere kant concurreert een ondergedoken plant met kroos(-achtigen) en faciliteren ondergedoken planten helderheid van het water door het verminderen van opwerveling van sediment door bijvoorbeeld wind.
Meest voorkomende ondergedoken waterplanten zijn uit de fonteinkruidenfamilie (Potamogetonaceae), smalle waterpest (Elodea nuttallii) en het vederkruidgeslacht (Myriophyllum), maar ook gewoon sterrenkroos (Callitriche platycarpa) wordt veel aangetroffen in Nederland. Dat komt omdat deze soorten goed gedijen in voedselrijk water met regelmatig geschoonde watergangen, wat het geval is in een groot deel van de Nederlandse sloten en beken. Grof Hoornblad (Ceratophyllum demersum) is een volledig ondergedoken soort die ook veelvuldig voorkomt, en voor problemen kan zorgen met betrekking tot recreatie en waterafvoer door de massale ontwikkeling is voedselrijke wateren.
De meest voorkomende fonteinkruiden in Nederland staan hieronder benoemd:
Van waterpest komt in Nederland over het algemeen smalle waterpest (Elodea nuttallii) voor. Deze exoot is inmiddels genaturaliseerd en heeft de vorige exoot, brede waterpest (Elodea canadensis) inmiddels overheerst. Smalle waterpest (Elodea nuttalli) gedijt net als sterrenkroos (Callitriche spec.) goed in voedselrijk water dat regelmatig wordt geschoond. Deze soort ontwikkelt zich snel, waardoor een heel waterlichaam gedomineerd kan worden door waterpest. Brede waterpest is nog wel een algemene soort maar de trend in het voorkomen is sterk negatief. Het is ook een natuurdoeltypesoort voor diverse stilstaande en langzaamstromende wateren (Bal et al., 2001). Het deel 'pest' in de Nederlandse naam waterpest is voor deze soort dus niet meer van toepassing.
Vederkruiden zijn ondergedoken waterplanten die in hoge dichtheden voor kunnen komen in de Nederlandse wateren. Hoewel het een ondergedoken waterplant is, kunnen de bladeren tijdens het groeiseizoen tot boven de waterspiegel komen. De bladeren zijn kenmerkend (en naamgevend) geveerd in kransen van 3-5 takken (varieert tussen de soorten).
De bekendste representant van de vederkruiden in Nederland is Aarvederkruid (Myriophyllum spicatum). Deze soort komt algemeen voor in voedselrijke wateren, maar kan ook uit de weg met fosfaatgelimiteerde systemen. Dit komt doordat deze plant zowel uit het water als uit het sediment (met de wortel) de voedingsstoffen kan halen. Deze soort kan enorm woekeren en voor problemen zorgen in de recreatie en scheepvaart. Dit komt doordat de plant snel kan (her-)groeien vanuit, bijvoorbeeld, maairesten. Het is een opportunistische groeier. Onder optimale omstandigheden komt deze plant zelfs tot bloei. De soort kan echter niet goed tegen beschaduwing. Deze soort kan je verder herkennen aan een dun laagje kalk.
Andere vederkruiden die in Nederland regelmatig worden aangetroffen zijn Kransvederkruid (Myriophyllum verticillatum), Parelvederkruid (Myriophyllum aquaticum) en Teer vederkruid (Myriophyllum alterniflorum). Kransvederkruid komt vooral voor op laagveen en in rivierkleigebieden, en is een goede indicator voor kwel. Parelvederkruid is een exoot die zich steeds vaker vestigt in gematigde streken, zoals Nederland. De bladeren zijn vaak bedekt met een dunne, blauwkleurige waslaag. Teer vederkruid is meer een soort van voedselarme kleine beken en stilstaande wateren. De naam geeft het al aan: Teer vederkruid is een kwetsbare soort (strenge milieueisen en gevoelig voor slib) en staat waarschijnlijk met die reden op de Rode Lijst.