Het Nederlandse polderlandschap wordt bij uitstek gekenmerkt door de vele sloten en kanalen (ook weteringen, tochten of vaarten genoemd) die in de loop der eeuwen zijn gegraven, vergraven en weer dichtgegooid. Sloten en kanalen worden, conform de definitie in de KRW, opgevat als lijnvormige, gegraven wateren, waarbij sloten smaller en kanalen breder dan 6 meter zijn. Een kanaal hoeft dus geen scheepvaartfunctie te hebben om een kanaal te zijn, het kan ook uitsluitend een functie hebben voor het waterbeheer.
Sloten en kanalen onderscheiden zich van ondiepe meren door een aantal masterfactoren:
Sloten en kanalen onderscheiden zich van stromende wateren door het niet permanent en niet altijd in dezelfde richting optreden van stroming, waardoor de verblijftijd in vergelijking met stromende wateren relatief lang is. Sterk gestuwde beken waarin het water meestal stil staat hebben meer kenmerken van sloten dan van stromende wateren.
Onderstaande tekst behandeld uitsluitend de zoete, sterk gebufferde sloten en kanalen, dus geen zwak gebufferde en brakke wateren.
Sloten en kanalen zijn primair gegraven voor de waterbeheersing en het transport over water. De waterbeheersing is momenteel de belangrijkste functie van sloten en kanalen. Door verbetering van het wegennet is de transportfunctie in de loop der eeuwen minder belangrijk geworden en feitelijk alleen nog van toepassing op de grotere kanalen (binnenvaart). Daarnaast worden sommige kanalen recreatief gebruikt; vaak rust op die kanalen overigens geen formele scheepvaartfunctie meer.
Daarnaast vormen sloten en kanalen een belangrijk aandeel van ons oppervlaktewater en daarmee ook van ons aquatische ecosysteem. Daarmee hebben sloten en kanalen ook een belangrijke ecologische functie, ook al hebben ze die functie beleidsmatig vaak niet. Sommige soorten komen in Nederland met name in sloten en kanalen voor, zoals de groene glazenmaker en grote modderkruiper.
Een van de belangrijkste kenmerken van sloten en kanalen is dat het waterpeil vrijwel altijd gehandhaafd wordt (streefpeil). In agrarisch gebied, waar de meeste van deze wateren liggen, is het streefpeil of het hele jaar hetzelfde (vast peil), of het zomerpeil is hoger dan het winterpeil (tegennatuurlijk peil). In natuurgebieden vinden we wel eens hogere peilen in de winter of zelf een flexibel peil tussen bepaalde grenzen. Om het peil te handhaven is afvoer in tijden van neerslagoverschot en aanvoer in tijden van droogte noodzakelijk. Inherent aan deze functie is dan ook dat zowel sloten als kanalen een deel van de tijd stromen en dat deze stroomrichting ook om kan keren. In praktijk is de stroming in sloten en kanalen meestal gering. Hogere stroomsnelheden (vergelijkbaar met beken) komen vrijwel alleen voor nabij gemalen, inlaten, duikers of andere kunstwerken.
Sloten en kanalen vormen samen het watersysteem van een polder en kunnen niet los van elkaar gezien worden. Toch zijn er belangrijke verschillen in dimensie (breedte en diepte), belasting en verblijftijd. De dimensie van het water is over het algemeen afgestemd op de hoeveelheid water die er in een afvoersituatie doorheen moet (uitzondering: aanvoersloten voor specifieke doeleinden zoals fruitteeltberegening). Over het algemeen is de belasting van kanalen hoger en de verblijftijd korter dan die van sloten. Dit hangt echter samen met de wijze van inlaat en afvoer. Een poldersysteem heeft vrijwel altijd maar één afvoerpunt, maar kan meerdere aanvoerpunten hebben. De afvoer kan plaatsvinden onder vrij verval (via een stuw), als het naastgelegen watersysteem een lager peil heeft. Als dat niet het geval is, wordt de polder bemalen met een gemaal. In veel gevallen wordt water ingelaten nabij het uitlaatpunt. Nabij het gemaal wordt dan vrijwel constant water op en neer gepompt, terwijl in de haarvaten (sloten) de verblijftijd zeer lang kan zijn en vrijwel uitsluitend gevoed worden door neerslag en grondwater.
Indien het water op een andere plaats wordt ingelaten dan het uitlaatpunt, is de situatie complexer en is de verblijftijd door de polder ook gedifferentieerder. Meestal stroomt het water echter via de ‘weg van de minste weerstand’ door de primaire wateren en blijft de verblijftijd in sloten vrij lang. Nog complexer is de situatie als er meerdere inlaatpunten zijn. Dit is bijvoorbeeld het geval bij lintbebouwing in het veengebied. Rondom de bebouwing liggen zogenaamde hoogwatervoorzieningen, waaruit permanent via een groot aantal stuwtjes water de polder in sijpelt.
Bemalen poldersystemen hebben een gemiddelde verblijftijd in de orde van 1-3 weken (schatting op grond van modelgegevens uit de gebieden van Hoogheemraadschap De Stichtse Rijnlanden en Waterschap Hollandse Delta). De verblijftijd in het primaire systeem (kanalen) ligt in de orde van enkele dagen tot maximaal een week en de verblijftijd in de haarvaten (sloten) naar schatting in de orde van maanden.
De algengroei in poldersystemen is, net als in ondiepe meren, sterk afhankelijk van de belasting en de verblijftijd. Systemen met een lange verblijftijd, grofweg meer dan 20 dagen, zijn procesgestuurd. Dat wil zeggen dat de algensamenstelling grotendeels lokaal ontstaat en afhangt van de belasting. Systemen met een verblijftijd korter dan 10 dagen zijn grotendeels verblijftijdgestuurd. Dat wil zeggen dat de algengroei in het systeem vrijwel verwaarloosbaar is en de algenconcentratie dus bepaalt wordt door de concentratie in het aangevoerde water. Echter, de aanvoer in poldersystemen komt veelal uit het achterland. "Honkvaste" algen in sloten zal men ook vaker vinden als aangroei op waterplanten of palen en beschoeiing. Met name diatomeeën vormen dan een handzaam identificatie middel. Een kanaal met een korte verblijftijd krijgt een groot deel van zijn water uit het achterliggende poldergebied. Als daar sloten liggen met een hoge belasting (uit landbouwgronden) en een lange verblijftijd, dan heeft het kanaal dus een hoge concentratie algen. Een opvallend verschijnsel in sloten in het vroege voorjaar is het optreden van flap-dekens. Deze dekken voornamelijk bestaand uit draadalgen, drijven op van de bodem door fysiologische activiteit en verdwijnen in de loop van het voorjaar weer. Dit verschijnsel kan waargenomen worden in voedselrijkere sloten, maar ook in sloten in natuurgebieden zonder zware bemesting.
Het voorkomen van voldoende vegetatie, met voldoende diversiteit, is een sturende factor in sloten en kanalen omdat de fauna daar weer mede afhankelijk van is. Het voorkomen van ondergedoken vegetatie wordt in sterke mate bepaalt door het profiel in relatie tot het doorzicht. Vegetatie kan in principe voorkomen tot ongeveer 1,7 keer het doorzicht (Scheffer, 1998), daaronder treedt lichtgebrek op. Het doorzicht wordt in sterke mate bepaalt door de hoeveelheid algen en deeltjes (klei, veen of slib) in het water. De maximale diepte in (het midden van) sloten is over het algemeen enkele decimeters tot ruim een meter, kanalen zijn meestal enkele meters diep. Aangezien het doorzicht meestal enkele decimeters tot een meter is, kunnen er in sloten vrijwel altijd planten groeien en in het midden van de meeste kanalen niet.
Naast doorzicht kunnen ook golfslag en stroming (door wind, scheepvaart en waterbeheer) een belemmering vormen voor de plantengroei. Ten eerste hebben deze factoren effect op het doorzicht door opwerveling van sediment, daarnaast kan sterke golfslag en stroming in theorie planten ontwortelen en wegspoelen. In tegenstelling tot meren, is in de sloten en kanalen de windwerking te gering om fysieke effecten op de plantengroei te hebben. Dit geldt op de meeste plaatsen ook voor stroomsnelheden als gevolg van waterbeheer. Deze mogen volgens gangbare normen nooit hoger worden dan 30 cm/sec, met uitzondering van locaties vlak bij het gemaal of bij een duiker. Recreatieve of beroepsscheepvaart kan in druk bevaren kanalen wel invloed op de vegetatie hebben, daarom wordt bij de beoordeling voor de KRW ook rekening gehouden met de aanwezigheid van intensieve scheepvaart. Ook toeristisch gebruik wil nog wel een leiden tot het inzetten van de maaiboot, waardoor o.a.kostbare Krabbenscheervegetaties het loodje leggen.
In zeer voedselrijke wateren (met een hoge nutriëntenbelasting) domineren algen of kroosachtigen, soms zijn drijfbladplanten als gele plomp nog wel aanwezig. Bij voldoende doorzicht vestigen zich ondergedoken waterplanten en ontwikkelen zich ook betere drijfbladzones. Het type ondergedoken waterplanten dat kan voorkomen, wordt in sterke mate bepaald door de kwaliteit van de waterbodem. Bij voedselrijke waterbodems wordt de vegetatie meestal gedomineerd door soorten als Grof hoornblad, Smalle waterpest of Sterrenkroos. Bij een minder voedselrijke bodem neemt de soortenrijkdom toe en kan een diverse vegetatie ontstaan met onder meer fonteinkruiden en/of kranswieren en zelfs tot velden Krabbenscheer. Deze laatste situatie is in de KRW het uitgangspunt voor een goede toestand (GEP).
Naast de watervegetatie speelt de oevervegetatie in sloten en kanalen een belangrijke rol, alleen al door de relatief grote oppervlakte van de oevers. Ook de oevervegetatie wordt in sterke mate bepaald door de voedselrijkdom (van de bodem en uitspoeling uit het aangrenzende perceel). Daarnaast is het profiel (steil of flauw), het peil en het beheer van belang. Bij voedselrijke, gemaaide oevers komt riet vaak voor en kan daar ook sterk domineren. Intensief begraasde oevers zijn meestal begroeid met liesgras of mannagras, of oneetbare soorten als kalmoes. Door de begrazing blijven deze oevers meer open en is er ruimte voor kruiden als moerasvergeet-mij-nietje. Bij minder voedselrijke oevers neemt de diversiteit toe en komen ook soorten als zegges, gewone waterbies, moeraswederik of dotterbloem voor.
De fauna is afhankelijk van voldoende habitatstructuren, waarvan de vegetatie een van de belangrijkste is. In het algemeen geldt hoe groter de diversiteit in habitatstructuren is, hoe groter ook de diversiteit in de fauna. In sloten en kanalen heeft de oevervegetatie een relatief groot areaal en is dus van grote invloed op de fauna, maar ook de aanwezigheid van waterplanten met verschillende groeivormen. In het ideale geval gaat de zone met oeverplanten geleidelijk oever in de zone met waterplanten, en is er daarnaast ook nog onbegroeid water aanwezig. Opvallend is het verschijnsel dat ondanks de grote invloed van de mens door het beheer er toch gesproken kan worden van leefgemeenschappen en soortencombinaties van macro-invertebraten in sloten, hetgeen tot begin jaren 80 van de vorige eeuw nog onbekend en in discussie was.
Daarnaast is ook de waterkwaliteit voor de fauna van belang. Een hoge belasting met nutriënten of organische vervuiling leidt tot periodiek lage zuurstofconentraties en snelle vorming van bagger. Dit alles leidt weer tot dominantie van algemene soorten en afname van bijzondere soorten.